- Creación del registro civil y del matrimonio civil, a través de los cuales se prohibió la realización de bautizos, matrimonios y actas de defunciones que no fueran registrados previamente por las autoridades civiles.
- Supresión de las primicias o pagos que los fieles daban a la iglesia por las ceremonias religiosas e incautación de los cementerios.
- Supresión de los conventos de monjas.
- Expropiación de templos y extinción de los seminarios
- Eliminó la religión del pensum de estudios.
Estas medidas provocaron un enfrentamiento entre el estado y la iglesia, ya que las mismas fueron rechazadas por las autoridades eclesiásticas. Desde entonces, la iglesia y el clero lanzaron una campaña contra el Gobierno.
Al no lograr una solución al problema, Guzmán amenazó al papa pío IX con crear una ¨Iglesia Nacional¨ en Venezuela separada de roma y la cual tendría como autoridad religiosa suprema el jefe de estado. esto obligó al papa a negociar con el gobierno. Así nombró al Arzobispo José Antonio Ponte y puso fin al conflicto con esta designación.
Papa Pío IX